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狼蛛与红火蚁背后的那群怪物已经被时空安全局的探员们发现了，他们需要进行下一部行动。可是原本被他们解救的南桐城的居民，却成为了所有蚂蚁的目标，他们只能躲起来，以此保全自己。在另一个王腾的带领之下，所有的居民包括赵璐和陈苗苗都暂时获得了安全，而这个王腾对于赵璐也渐渐产生了爱情。
另一边，EIPU1的陈羽为了救出自己的家人，与王腾一同来到了南桐城，却被敌人抓了起来。
同时，时空安全局派出了EIPU7的陈羽，以及莉迪亚、艾琳娜、普拉萨德、李耀杰和肖恩这一群人前往了EIPU10，为了调查这些怪物的来历，他们动用了上帝的办公室，一直回到了八千年前，可是却一下子落入了敌人的陷阱，被那些怪物利用快子宇宙耗光了能量。
时空安全局的行动可谓是出师不利，但陈羽凭借着超强的意志和高超的智慧，最终帮助他们摆脱了困境。然而这些怪物的攻势依旧凶猛，时空安全局虽然竭力抗争，还是节节败退。
与此同时EIPU1的陈羽和王腾找到了赵璐和陈苗苗，但那里的王腾已经和赵璐相爱，陈羽在完成任务的同时，情感上也陷入了彻底的错乱当中。
当时空安全局连同整个人类都岌岌可危的时候，X宇宙里的江天佐参与了进来。他的诞生源自于第一次时空安全局对付潜行者组织时，一直逃亡的史密斯·里夫斯（江天佐）最终被上帝的办公室切断了时间线，从而分裂成两个时空，形成了新诞生的X宇宙，而这个江天佐与时空安全局里的江天佐原本源自同一个人。当他到来的时候，整个局面又活了过来，他们也因为这个江天佐的到来以及X宇宙的诞生，才知道一直藏在莉迪亚身上一个重大的秘密。